Uspostava Regionalnog centra za edukaciju pravosudnih dužnosnika o suzbijanju kibernetičkog kriminala u Zagrebu, inicirana je projektom IPA 2010 “Regionalna suradnja u borbi protiv kibernetičkog kriminala u zemljama jugoistočne Europe”.
Projekt je provodilo Vijeće Europe, a uključivao je sljedeće zemlje: Albanija, Bosna i Hercegovina, Crna Gora, Hrvatska, Kosovo, Makedonija, Srbija i Turska. Početak projekta, čija vrijednost je bila 2.777.778,00 EUR, bio je u studenome 2010., a završetak krajem travnja 2013. Cilj projekta bio je jačati kapacitet pravosudnih tijela i ministarstava unutarnjih poslova zapadnog Balkana i Turske za učinkovitu suradnju u borbi protiv kibernetičkog kriminala.
Na konferenciji u Ohridu u svibnju 2011. Hrvatska je određena kao zemlja u kojoj će se uspostaviti ovaj centar, najprije kao pilot centar koji će djelovati u okviru Pravosudne akademije. Prostor za Pilot centar osiguralo je Ministarstvo pravosuđa.
Na konferenciji koja se održala u Dubrovniku 13. – 15. veljače 2013. usvojena je i potpisana Deklaracija o strateškim prioritetima suradnje u borbi protiv kibernetičkog kriminala od strane visokih dužnosnika ministarstava pravosuđa i unutarnjih poslova svih zemalja sudionica u projektu, u kojoj se navodi i osnivanje Pilot centra u Hrvatskoj kao jedan od strateških prioriteta.
U 2014. godini Pravosudna akademija je u suradnji s vanjskim partnerima organizirala dvije aktivnosti Regionalnog centra (dva seminara):
Na oba seminara su među voditeljima bili i hrvatski pravosudni dužnosnici (jedna sutkinja i jedan zamjenik općinskog državnog odvjetnika) osposobljeni za voditelje obrazovnih aktivnosti kroz projekt iz programa IPA 2010 u kojem je ovaj Centar i nastao.
Zbog nedostatka sredstava, Regionalni centar nije organizirao edukacije u 2015. godini.
Tijekom 2016. godine Regionalni centar je, u suradnji s međunarodnim partnerima i uz njihovu financijsku podršku, organizirao dvije međunarodne aktivnosti namijenjene stručnom usavršavanju pravosudnih dužnosnika iz država koje sudjeluju u radu Centra:
Regionalni centar za edukaciju pravosudnih dužnosnika o suzbijanju kibernetičkog kriminala i Ured Vijeća Europe za programe kibernetičkog kriminala, u organizaciji hrvatskog predsjedanja Odborom ministara Vijeća Europe, organizirao je Regionalni forum o računalnim prijevarama koji se održao u Hotelu Sheraton u Zagrebu, 4. i 5. listopada 2018.